اما بیشترین شهرت شیخ نخودکی به دلیل کرامات اوست که از جمله آن‌ها می‌توان به تشرف نزد حضرت خضر نبی و امام رضا علیهما السلام اشاره کرد. وی همچنین دارای قدرت‌های ماورائی از جمله طی‌الارض، آگاهی از غیب، چشم برزخی،‌ دم مسیحایی و ... بود. او این قدرت‌های الهی را با تهجد، توکل، شب‌زنده‌داری، خواندن نماز اول وقت و انس با قرآن به دست آورده بود. مرحوم آیت‌الله کشمیری در این باره می‌گوید: مرحوم شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی تا چهار سال در مشهد مقدس، هر شب تا صبح قرآن را ختم و به امام رضا(ع) هدیه می‌کرد تا به آن مقامات رسید.

 

از دیگر کرامات شیخ نخودکی این بود که زمان وفات خود را پیش‌بینی کرد و همان‌طور که وعده داده بود، در روز یکشنبه هفتم شهریور 1321 در سن هشتاد سالگی به جوار حق شتافت و طبق وصیتی که کرده بود،‌ در صحن عتیق روبروی ایوان طلا در حرم مطهر رضوی تدفین شد.

 

* نماز اول وقت «شاه کلید» است

 

مرحوم شیخ بر خواندن نمازهای روزانه در اول وقت تأکید بسیار داشت و این نخستین وصیت او به فرزند خویش بود. این عارف حقیقی می‌گفت: اگر آدمی یک اربعین به ریاضت پردازد، اما یک نماز صبح از او قضا شود، نتیجه آن اربعین، «هَبَاء مَّنثُورًا» خواهد شد. (اشاره به آیه 23 سوره فرقان و به معنای پراکنده‌شدن ذرات غبار در هوا)

 

جناب شیخ فرزندش را بر تهجد و نماز شب سفارش می‌کرد و می‌گفت: «بدان که در راه حق و سلوک این طریق، اگر به جایی رسیده‌ام، به برکت بیداری شب‌ها و مراقبت در امور مستحب و ترک مکروهات بوده است، ولی اصل و روح همه این اعمال، خدمت به ذراری (فرزندان) ارجمند رسول اکرم صلی الله علیه و آله و سلم است.»

 

نقل است جوانی نزد شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی آمد و گفت: سه قفل در زندگی‌ام وجود دارد و سه کلید از شما می‌خواهم! قفل اول این است که دوست دارم یک ازدواج سالم داشته باشم، قفل دوم اینکه دوست دارم کارم برکت داشته باشد و قفل سوم اینکه دوست دارم عاقبت بخیر شوم.

 

 شیخ نخودکی فرمود: برای قفل اول، نمازت را اول وقت بخوان. برای قفل دوم نمازت را اول وقت بخوان. و برای قفل سوم هم نمازت را اول وقت بخوان!

 

جوان عرض کرد: سه قفل با یک کلید؟!

 

شیخ نخودکی فرمود: نماز اول وقت «شاه کلید» است.